1、载玻片、盖玻片、培养皿一定要选择质量好、光洁、无杂质的，且要清洗干净，以免产生荧光干扰。
2、好的图像，须使用高数值孔径的物镜，工作距离短，必须使用玻璃底培养皿；或者盖玻片朝下、载玻片朝上，这就需要封片，封片剂要干净，无自发荧光。
3、封片时，载玻片要放平，用力要均匀，保证载玻片、盖玻片呈平行状态，避免因倾斜影响图像质量。
4、组织切片样品，贴片要贴平，如有气泡，重叠，影响图像质量。
5、荧光标记的发光效率，特异性，直接影响成像信噪比，清晰度。
6、贴壁细胞培养，需尽量避免培养液中的荧光标记物或荧光杂质沉积在玻片或皿底，这会使图像的背景不纯，严重时，无法成像。